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年次有給休暇の起算日は、最初に付与した日から起算します。
ご質問の年次有給休暇の時効についてですが、労働基準法は、「この法律の規定による賃金（退職手当を除く。）、災害補償その他の請求権は２年間、この法律の規定による退職手当の請求権は５年間行わない場合においては、時効によって消滅する」と定めています。したがって、年次有給休暇の時効は２年ということになります。
次に、時効の起算日についてですが、行政解釈では「有給休暇の時効の起算日は、取得可能となった時点であることから、入社日に付与された 5 日については入社日、残りの 5 日については入社 6 ヵ月経過後の日となる」としています。
ご質問の例で見てみますと、例えば、 10 月１日に中途入社者に与えた 5 日の年次有給休暇は、最初に付与した日から 2 年後の 9 月３０日まで有効となります。また、翌 4 月１日の統一基準日に与えた 11 日の年次有給休暇は最初の統一基準日から起算し、 2 年後の 3 月 31 日にその権利が消滅します。つまり、年次有給休暇について統一基準日を設けた場合には、中途入社者の年次有給休暇の時効は、最初に与えた日が時効の起算日となり、次の統一基準日に与えた年次有給休暇の時効は、統一基準日から起算することになります。
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